Det finns tre flygplatser i Moskva som hanterar internationell trafik: Sjeremetjevo, Domodedovo och Vnukovo. De två förstnämnda har flest resenärer i dagsläget eftersom Vnukovoflygplatsen är föremål för omfattande om- och utbyggnad.
Domodedovoflygplatsen hanterar flest passagerare i Ryssland och många av de stora internationella flygbolagen landar här. Den här relativt moderna flygplatsen ligger 35 kilometer söder om Moskva. Det enklaste sättet att ta sig mellan Domodedovo och Moskva är att åka med Aeorexpresståget, som går mellan flygplatsen och Paveletskijterminalen i centrala Moskva. Den här resan tar ungefär en timme. Den som har lite mer tid kan åka med det vanliga pendeltåget som tar ca 80 minuter. Man kan även åka buss till den närmaste tunnelbanestationen, Domodedovskaja.
Sjeremetjevoflygplatsen ligger norr om Moskva och den är basen för Aeroflots passagerarverksamhet. Även många ickeryska bolag flyger till Sjeremetjevo. Vägen till flygplatsen blir lätt överbelastad vid rusningstrafik och det kan ta mellan en halvtimme och två timmar att åka bil från Sjeremetjevo till Moskvas centrum. Under 2008 ansluts Sjeremetjevos nya tågterminal till två av Moskvas stationer med en restid på drygt en halvtimme.